Odizolowani od świata przez mistyczną barierę, kapłanka Reimu Hakurei i magik Marisa Kirisame prowadzą stosunkowo spokojne życie w krainie Gensokyo, aż do momentu, w którym zostają przeniesieni poza granice i na nieznane terytorium zewnętrznego świata. Po przypadkowym spotkaniu z Sumireko ludzką dziewczyną mającą obsesję na punkcie Gensokyo i wszystkich jego cudów nasi bohaterowie w końcu odnajdują drogę powrotną do domu – ale teraz w towarzystwie nieoczekiwanego gościa. Przybycie Sumireko zwiastuje chaos nie tylko w Gensokyo, ale także w świecie zewnętrznym i poza nim! Reimu i Marisa muszą rozwikłać tajemnice zagrażające ich domowi i przywrócić pokój na ziemiach.