Rozgrywka w Ratatan zawiera unikalne połączenie rytmu i strategii, w której gracz wciela się w dyrygenta kontrolującego działania uroczej armii postaci „Ratatan”. Używając poleceń na kontrolerze, każdy przycisk reprezentuje jedną z czterech fraz muzycznych i należy go uderzać w synchronizacji z ustalonym rytmem, aby wydawać armii instrukcje. Ratatan podwaja motyw muzyczny, wprowadzając postacie wyposażone w instrumenty muzyczne, które mogą uwolnić specjalne umiejętności w walce, wraz z bardziej nowoczesnym systemem ruchu, zachowując przy tym tę samą czterotaktową rozgrywkę w obronie przed atakiem, którą uwielbiają fani wcześniejszego hitu twórców — Patapona.
