Na odległej obcej planecie czeka mechaniczne zagrożenie, które doprowadzi nawet największą łowczynię nagród w galaktyce do granic możliwości. Pasożyt X, niebezpieczna istota zdolna do naśladowania każdej żywej istoty, została unicestwiona przez znanego łowcę nagród Samusa Arana. Jednak niedługo potem Federacja Galaktyczna otrzymuje tajemniczą i niepokojącą transmisję: wbrew doniesieniom pasożyt X wciąż żyje. Chcąc odkryć prawdę, Federacja wysyła grupę robotów Extraplanetary Multiform Mobile Identifier – czyli E.M.M.I. – na planetę ZDR, źródło transmisji. Po przybyciu na planetę ZDR kontakt zostaje utracony, a E.M.M.I. znika bez śladu. Wysłana do ZDR w celu jej zbadania, Samus Aran jest teraz jedyną nadzieją Federacji na odnalezienie E.M.M.I. i ustalenie, czy pasożyt X nadal stanowi zagrożenie dla całej galaktyki…
