Nie od dziś wiadomo, że konsole przenośne Nintendo od pradziejów są piracone z wielką łatwością. Ninny na pewno nie ma zamiaru tym razem oddać pola bez walki. Nie znamy oczywiście żadnych szczegółów systemu zabezpieczeń, ale w jednej z wypowiedzi, której udzieli po konferencji Iwata, dowiadujemy się, że Nintendo 3DS będzie posiadało funkcję automatycznego update firmware w ramach SpotPass. Do tej pory nie było to możliwe, bowiem ilość dostępnej pamięci ROM była zbyt mała. Czy to uniemożliwi „granie na piratach”? Na pewno nie, ale może nieco utrudnić piracenie nowych tytułów, gdy będą wymagały aktualizacji firmware vide PSP.
Nintendo 3DS will also have a system in place for updating the firmware through package software itself. Said Iwata, „We believed this to be doable because the usable ROM size for the Nintendo 3DS would become much larger.” Iwata insisted that for both types of firmware updates, piracy prevention is secondary to offering new functionality to owners.